二代reads最短都有50bp，所以大家常用的比对工具都是不支持50bp以下的reads的比对的。

但是，在实际中，我们确实又有比对super short reads的需求。

So，我找到了如下方法来比对super short reads：

1.msa.sh，bbmap里的，好用，但是太慢。

2.bbduk.sh，bbmap里的，不支持输出sam文件，只能输出map和unmap的reads。

3.bbmap.sh，好用，超快，但是不支持mismatch，可惜。

4.seal.sh，没试过。

5.bowtie1，亲测可用，输出Sam文件。

 

参考：